12 дуплетный код

12 ДУПЛЕТНЫЙ КОД

Генетический код – это Способ записи информации о первичной структуре белков через последовательность нуклеотидов ДНК и РНК = «Словарь» перевода с языка нуклеиновых кислот на язык белков.

Каким должен быть дуплетный код Число возможных дуплетов = 16 Им можно закодировать не более 15 а.к. один из дуплетов – на СТОП-кодон

Наш метод создания кода: Выбрали белки лизоцим (129 а.к.) и миоглобин (154 а.к.); Разделили а.к. на две группы: а) обязательно кодируемые б) с похожими радикалами Посмотрели, какие а.к. наиболее часто встречаются в данных белках; Подобрали дуплеты и а.к. так, чтобы коэффициент q был как можно больше.

Проблема глицина:

Знаком начала гена мы выбрали Знаком начала гена мы выбрали СТАРТ-кодон АУ кодирует Мет, а в начале гена фМет. (в триплетном АУГ) Знак окончания гена – СТОП-кодон УА (в триплетном УАА, УАГ, УГА)

Идеальный дуплетный код

Свойства дуплетного кода: Отсутствие межкодонных знаков препинания Наличие межгенных знаков препинания Однозначность Неперекрываемость Дуплетность Нет вырожденности (избыточности) Экономичность (на белок той же длины нужно меньше ДНК)

Сравним эти два кода – построенный нами дуплетный и стандартный триплетный Один из самых важных параметров - помехоустойчивость

Помехоустойчивость X Y

Классификация аминокислот по полярности радикала

Подсчёт коэффициента помехоустойчивости (q).

Недостатки дуплетного кода: Таким кодом невозможно закодировать больше, чем 15 аминокислот. Возможный путь преодоления: Посттрансляционная модификация

Недостатки дуплетного кода: Коэффициент помехоустойчивости (q) меньше, чем у триплетного кода (qтр~1,28, а qдп1,1) Нет вырожденности (избыточности).

Литература В.А. Ратнер. Молекулярно-генетические системы управления. Наука, Новосибирск, 1981.