Инструкция Swiss PDB Viewer презентация

Инструкция Swiss PDB Viewer Выполнила: Магистрант 1 года Авсиевич Т. И.

Моделирование на основании гомологии для каждого белка был получен хотя бы один структурный гомолог (идентичность >30%)

Homology modeling Моделирование неизвестной структуры одного белка, на основании его гомологичности с другим, для которого структура доподлинно известна и подтверждена экспериментальным путем (Кристаллография, ЯМР)

ExPASY (Expert Protein Analysis System) Экспертная система анализа белков – протеомный сервер Института Бионформатики Швейцарии, который содержит еще несколько баз данных: SWISS-PROT TrEMBL PROSITE PDB

Подходы: Полностью автоматическое выравние последовательности шаблона и модели. Первичная последовательность белка моделируется путем добавления его в формате Fasta в Swiss-Model (http://www.expasy.org/swissmod) Оптимизация с помощью DeepView Олигомерное моделирование

http://www.expasy.org/swissmod

Optimise (Project) mode 1) Загрузка файла моделируемого белка: File>Import>Grab from server SwissProt Seq или SwissModel>Load Raw Sequence Загрузка файла белка-шаблона: Edit>BLAST Selection vs. ExPDB или • SwissModel>Find Appropriate [ExPDB Templates

Создание проекта моделирования Если загружается несколько образцов: Fit>Iterative Magic Fit Fit>Fit Raw Sequence Выравние модельной последовательности и построение 3D модели: Fit>Fit Raw Sequence Подгонка вручную: Alignment window Для модели, состоящий из нескольких субъединиц: SwissModel>Homo Multimer Mode

Loading a target sequence Загрузка последовательности моделируемого белка FastA: SwissModel>Load Raw Sequence Select a Text File SWISS-PROT: File>Import В окне Import вводится шифр, далее SwissProt seq

Загружаю файл в формате FASTA с PDB Открываем его как текстовый файл

1. Загрузка моделируемой последовательности (мишень)

2.Поиск гомологичной последовательности (шаблона) Выделяем все молекулы мишени Edit>BLAST Selection vs. ExPDB (связывается с сервером и подбирает гомологи)

3.Создание проекта модели Управление выравниванием между последовательностями модели и шаблона Будет создано выравние, по которому DeepViewer построит трехмернцю модель В случае, если выбрано несколько шаблонов, то сначала для них выполняется функция суперпозиция – команда Fit>Iterative Magic Fit

4.Выравнивание последовательности мишени по шаблонам Fit>Fit Raw Sequence Если загружено более 1 структуры, то вырание идет по первой, а далее снужно ссылаться на слои

Ручное управление выравниванием Окно Alignment

Для наиболее удобного управления используйте окно Graphic – разрыв в последовательности модели представлен длянной пептидной связью Alignment – энергетическая зависимость последовательностей (между аминокислотами)

Отправка результатов моделирования на e-mail

Cовершентствование модели Построенная 3D модель будет отправлена на почту в виде PDB файла

В зависимости от качества модели: Незначительная корректировка боковых цепей:

3 типа изображения

3D - изображение Display>Use OpenGL Rendering Отображаются Ленты и Поверхности

Render in solid 3D Render in solid 3D Отображаются боковые цепи

Управление изображением

Стерео изображение Display>Stereo View red and blue